Seis anos após a batalha decisiva contra a Unicron, quando um grupo de diretores rebeldes liderados por Weirdwolf se juntou aos Decepticons de Galvatron em um ataque a Cybertron, o bot Headmasters, liderado por Cérebros, retorna ao seu planeta natal para ajudar em sua defesa. A situação logo piora quando é revelado que o Vector Sigma, o supercomputador no coração do planeta, estava desestabilizando, e o Optimus Prime novamente sacrifica sua vida para salvar Cybertron. Isso logo acaba atrasando o inevitável, no entanto, quando um ataque a bomba instigado por Scorponok transforma Cybertron em uma casca queimada e inóspita. Rodimus Prime parte em busca de um novo planeta para os Transformers viverem, deixando Cérebros no comando, operando a partir do planeta Athenia. Enquanto isso, Scorponok substitui Galvatron – que desapareceu na explosão – como líder do Decepticon, construindo um Transtector pessoal para que ele possa combater a forma gigante de Cérebros.