Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, os acontecimentos são depois de 2029, marcado pelo surgimento de uma nova tecnologia que permite a fusão do cérebro à computação através da rede mundial.Com isso, a barreira entre o mundo físico e digital está se desfazendo, criando novos níveis de existência, mesmo que essa tecnologia não se restringe somente ao cérebro, mas sim ao corpo todo com próteses especiais que aumentam o rendimento do corpo. A protagonista é Kusanagi Motoko, apelidada de Major pela própria equipe por causa do excelente senso de tática que ela possuí. Ela comanda uma equipe especial, sob comando de Aramaki Daisuke, chefe da Secção 9, uma agência secreta.