A história se passa durante Junho de 1983, numa vila rural fictícia chamada Hinamizawa, que possui a população de aproximadamente 2000 habitantes. O personagem principal da série, Keiichi Maebara, se muda para ua vila e se torna amigo de suas colegas de classe: Rena Ryuugu, Mion Sonozaki, Rika Furude e Satoko Hoojoo. A vila de Hinamizawa, aparentemente é normal e pacífica. Entretanto a tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi, que comemora e agradece ao deus local, Oyashiro-sama. Keiichi aprende que no dia dos festival, nos últimos quatro anos, uma pessoa é assassinada e outra desaparece e nunca mais é vista. Ele então começa a investigar os estranhos eventos envolvendo o festival Watanagashi e o deus Oyashiro-sama. Em cada arco da história, um dos amigos se torna paranóico e comete os crimes. Geralmente os crimes envolvem o assassinato de seus próprios amigos.