Sho Fukamachi, estudante do colegial da escola Narisawa, passeia com seu amigo Tetsuro Segawa e ambos escutam uma explosão. Em seguida, um objeto estranho cai aos pés dos jovens. Ao tentarem descobrir o que é o misterioso objeto, Sho acaba ativando-o e o organismo se funde com ele, transformando-o no Guyver. Em seguida, soldados da Cronos aparecem e são surpreendidos pelo guerreiro semi-alien, que derrota um dos Zoanóides da Cronos facilmente. A partir de então, Sho precisa aceitar seu destino e as mutações que ocorrem em seu corpo, ao mesmo tempo que precisa proteger seus amigos e familiares das garras da Cronos e descobrir a mitologia que envolve o mutante no qual se tornou.